Kereta api ini pertama kali beroperasi pada 1 Desember 2018 untuk melebur dua layanan kereta api yang telah ada sebelumnya (Kamandaka dan Joglokerto) demi penyederhanaan pelayanan, dan meningkatkan tingkat keterisian penumpang di lintas Yogyakarta–Semarang tanpa berganti kereta api lain di Purwokerto maupun Solo Balapan. KA Joglosemarkerto merupakan satu-satunya kereta api yang menghubungkan Jawa Tengah dan DI Yogyakarta. Waktu tempuh KA Joglosemarkerto adalah 11 jam 25 menit.
Joglosemarkerto merupakan akronim dari Jogja-Solo-Semarang-Purwokerto.